V064-02 Mikrobiologie-DB - Hauptprojekt

Entwicklung einer Primärdatenbank zur standardisierten Speicherung mikrobiologischer Daten

[TMF-Projekt | abgeschlossen] Auf Grundlage der Ergebnisse der durchgeführten Interviews und des Workshops, die den Bedarf der Community an dem geplanten Projektergebnis klar dokumentieren, ist eine Weiterführung des Projektes zu dem Endergebnis einer einsatzfähigen Datenbanklösung zur Speicherung von mikrobiologischen Primärdaten unbedingt sinnvoll. Da keine alternativen Open Source Lösungen identifiziert werden konnten und vorhandene kommerzielle Lösungen nicht für den vorgesehenen Einsatzzweck geeignet sind, wurde eine Neuentwicklung angestrebt. 

In nahezu allen Bereichen der Infektionsbiologie, Veterinärmedizin und Humanmedizin werden Primärdaten zu Mikroorganismen gesammelt und ausgewertet. Spätestens jedoch, wenn ein Forschungsprojekt endet oder der zuständige Mitarbeiter das Institut verlässt, stellt sich die Frage nach der nachhaltigen Speicherung der Daten. Hierfür werden bislang keine spezifischen professionellen Software-Lösungen eingesetzt, sondern meist individuelle Lösungen, die selten auch nur innerhalb eines Institutes einheitlich sind. Redundanzen oder Unvollständigkeiten in der Datenerhebung und -speicherung bleiben so häufig lange unbemerkt.

Ziel dieses TMF-Projektes war die Programmierung einer Software, die es erlaubt, mikrobiologische Daten nach einheitlichem Muster zu speichern. Dies erleichtert die Übergabe von Daten innerhalb eines Institutes – auch nach Weggang der Wissenschaftler, wenn ein Projekt abgeschlossen ist – und zwischen Verbundpartnern, die an derselben Fragestellung arbeiten. Die Datenbank wurde von einer Software-Firma programmiert. Die Definition der einzelnen Datenpunkte erfolgte durch Wissenschaftler und Programmierer aus verschiedenen Disziplinen. Eine erste nutzbare Version der Datenbank ist verfügbar und kann auf der Produktseite der TMF heruntergeladen werden. In einer Schulungsveranstaltung soll Interessierten der Umgang mit der Software beigebracht und Hilfestellung bei der Installation im eigenen Institut gegeben werden. Geplant ist, dass die Software mit Hilfe einer User-Group nach den Bedürfnissen der Anwender weiterentwickelt wird.

Projektzeitraum

Start 2011

Bewilligtes Budget

39.725€

Projektleitung

Torsten Semmler
Freie Universität Berlin, FB Veterinärmedizin
Institut für Mikrobiologie und Tierseuchen
Philippstraße 13 | 10115 Berlin
E-Mail

V064-01 Mikrobiologie-DB

Entwicklung einer Primärdatenbank zur standardisierten Speicherung mikrobiologischer Daten

[TMF-Projekt | abgeschlossen] Gefördert wurde zunächst Arbeitspaket 1, in dem eine Anforderungsanalyse und eine darauf basierende Marktrecherche durchgeführt wurden. Hierbei wurden infektiologische Verbünde aus der TMF-Mitgliedschaft aktiv eingebunden.

Eine Datenbank mit einer einheitlichen Struktur für mikrobiologische Daten ermöglicht Verbünden, die solche Daten generieren, Ihre Daten strukturiert und einheitlich vorzuhalten. Dadurch wird zum einen die Arbeit der einzelnen Verbünde effizienter, zum anderen kann ein enormer Gewinn durch die Möglichkeit des Austausches der Daten innerhalb der Verbünde und mit anderen Organisationen, wie z.B. Bundesbehörden, erzielt werden.

Die weiteren, in Abhängigkeit von den Ergebnissen des Arbeitspakets 1 noch zu genehmigenden Arbeitspakete sehen vor, ein relationales Datenbankschema zu entwickeln und auf einem Server zu implementieren. Im Anschluss daran würde dann eine webbasierte Anwendung entwickelt, die die Arbeit mit der Datenbank komfortabel ermöglicht und entsprechend dem Bedarf die Vorteile der Datenbank nutzbar macht. Die Basis für die Entwicklung soll Open Source- Software bilden, so dass eine leichte und kostensparende Verbreitung in die Institute der Verbünde und eine konstante Weiterentwicklung möglich ist. Um die Projektergebnisse den TMF-Mitgliedern vorzustellen und einen Einsatz in den Instituten zu erleichtern, werden in diesem Projekt Dokumentationen in Form von Handbüchern zu Installation und Betrieb der Datenbank und außerdem Schulungs- und Informationsmaterial erstellt.

Projektzeitraum

2009 – 2012

Verbrauchte Mittel

19.000 €

Projektleitung

Torsten Semmler
Institut für Mikrobiologie und Tierseuchen
Freie Universität Berlin
Tel.: 030 / 20 93 60 28
E-Mail